Lúng túng trong định hướng hoạt động, chủ yếu mới cung cấp các dịch vụ đầu vào trong sản xuất nông nghiệp, chưa tiếp cận được các chính sách hỗ trợ,... là những khó khăn mà các hợp tác xã (HTX) đang gặp phải. Đây cũng là nguyên nhân khiến hoạt động của HTX vẫn là “bình mới rượu cũ” dù quá trình chuyển đổi sang HTX kiểu mới đã diễn ra trong thời gian dài.
Đó là ý kiến của ông Nguyễn Văn Việt, Chánh thanh tra Bộ Nông nghiệp và PTNT về việc triển khai thanh, kiểm tra vấn đề an toàn vệ sinh thực phẩm hay dư lượng thuốc bảo vệ thực vật. Thực tế sau hơn 4 tháng triển khai đợt cao điểm hành động năm vệ sinh an toàn thực phẩm trong lĩnh vực nông nghiệp (từ ngày 19/10/2015) cho thấy, đã phát hiện nhiều sai phạm sau các cuộc thanh tra đột xuất.
Với định hướng đưa ngành nuôi trồng thủy sản phát triển bền vững, ngành nông nghiệp đã và đang triển khai nhiều giải pháp tiến tới công nhận, hài hòa các tiêu chuẩn của VietGAP với các tiêu chuẩn quốc tế. Từ định hướng đúng của ngành chức năng, các cơ sở nuôi kỳ vọng sẽ giảm chi phí sản xuất, góp phần nâng cao giá trị xuất khẩu thủy sản.
Theo điều tra hàng năm của Tổng cục Thống kê, tính đến 31/12/2014, trong ngành nông nghiệp có 3.844 doanh nghiệp sản xuất kinh doanh và cung cấp dịch vụ trực tiếp trong lĩnh vực nông lâm thủy sản (DN NLTS), chiếm dưới 1% tổng số 420.251 DN được điều tra. Cơ cấu của các DN NLTS chủ yếu là DN vừa và nhỏ (DNVVN), chiếm 96,53% tổng số DN nông nghiệp. Không chỉ nhỏ bé, DN NLTS còn đối mặt với muôn vàn khó khăn.