Tuy nhiên, việc phát triển các cây công nghiệp chủ lực vẫn còn những hạn chế, thách thức như sản xuất vẫn còn manh mún, không theo quy hoạch, chạy theo thị trường dẫn đến tình trạng được mùa, rớt giá. Bên cạnh đó, sản phẩm chủ yếu vẫn ở dạng thô; liên kết giữa người sản xuất, doanh nghiệp chế biến, tiêu thụ sản phẩm, nhà khoa học còn yếu và lỏng lẻo; ứng dụng công nghệ 4.0 vào sản xuất chưa nhiều dẫn đến chất lượng sản phẩm chưa cao và giá trị gia tăng thấp.
Đồng thời, chưa khai thác hết giá trị khi chưa tận dụng triệt để sản phẩm phụ từ cây công nghiệp chủ lực; ở nhiều nơi nhân dân còn trồng theo phong trào một số cây công nghiệp chủ lực (cao su, hồ tiêu…) dẫn đến tăng trưởng nóng về diện tích khi giá sản phẩm trên thị trường tăng. Ngoài ra, khi giá sản phẩm giảm mạnh, hiệu quả kinh tế thấp, người dân chuyển đổi sang các cây trồng khác, làm mất tính ổn định và phát triển bền vững ngành hàng cây công nghiệp chủ lực.
Đề án phát triển cây công nghiệp chủ lực đến năm 2030 với những giải pháp nhằm phát triển bền vững góp phần nâng cao giá trị kim ngạch xuất khẩu ngành nông, lâm, thủy sản, hiệu quả sản xuất, đời sống dân cư nông thôn và bảo vệ môi trường. Trên cơ sở đó, các địa phương cần xác định vùng sản xuất cây công nghiệp chủ lực trong phương án quy hoạch; rà soát diện tích trồng cây công nghiệp chủ lực (nhất là cây cà-phê, hồ tiêu) trên những vùng đất không phù hợp, kém hiệu quả để chuyển đổi cơ cấu cây trồng, tạo ra sản phẩm có thị trường tiêu thụ, với giá trị cao hơn.
Mặt khác, các địa phương tiếp tục có chính sách thu hút doanh nghiệp đầu tư phát triển sản xuất các cây công nghiệp chủ lực, thúc đẩy hình thành các chuỗi liên kết sản xuất từ xây dựng vùng trồng nguyên liệu đến chế biến, tiêu thụ sản phẩm. Cùng với đó, cần có các giải pháp cụ thể hỗ trợ phát triển hợp tác xã và tổ hợp tác; ưu tiên hỗ trợ thành lập mới và nâng cao năng lực hoạt động cho hợp tác xã hoạt động sản xuất, chế biến, kinh doanh sản phẩm cây công nghiệp chủ lực.
Đối với người trồng cần chủ động liên kết doanh nghiệp thông qua các hợp tác xã và tổ hợp tác để phát triển vùng nguyên liệu sản xuất cây công nghiệp chủ lực; thực hiện sản xuất theo quy trình GAP và tương đương, gắn với xây dựng mã số vùng trồng, truy xuất nguồn gốc sản phẩm...
Bên cạnh đó, các bộ, ngành, địa phương cần nghiên cứu chọn tạo, nhập khẩu các giống cây công nghiệp chủ lực mới có năng suất, chất lượng cao, chống chịu sâu bệnh, phù hợp với từng vùng sinh thái, thích ứng điều kiện biến đổi khí hậu; phát triển và ứng dụng các mô hình kinh tế tuần hoàn, sử dụng tối đa các phụ phẩm trong quá trình sản xuất, chế biến một số cây công nghiệp chủ lực để phục vụ lại cho sản xuất nông nghiệp.
Các doanh nghiệp cần đầu tư khoa học-công nghệ, thiết bị hiện đại chế biến sâu nhằm đa dạng hóa các sản phẩm cây công nghiệp chủ lực, đáp ứng nhu cầu thị trường trong nước và quốc tế; các địa phương, doanh nghiệp cần xây dựng thương hiệu sản phẩm, gắn với chỉ dẫn địa lý, mã số vùng trồng; hình thành sàn giao dịch sản phẩm cây công nghiệp chủ lực; thực hiện các hoạt động xúc tiến thương mại để người tiêu dùng trong nước có đủ thông tin về sản phẩm cây công nghiệp chủ lực...